QUANTUM ESPRESSOのインストール

能書き

野村研で第一原理計算ソフトQUANTUM ESPRESSOを使うときのメモ。

暫定版です。

野村研のワークステーション"idea"でqe-6.3が動いた時の手順を示す。UNIXソフトウェアは環境依存が大きいので、他の環境での動作は保証しない。
なお、基本的には是常先生のマニュアルに準拠している。

QEを手に入れる

必要なファイルを自分のホームディレクトリに展開する。
ideaの共有ディレクトリにおいてあるので、とりあえず下のコマンドを打ち込めば良い。

cd ~
tar zxvf /home/share/qe-6.3.tar.gz
cd ~/qe-6.3/
tar zxvf /home/share/wannier90-2.0.1.tar.gz

これでファイルがコピー＆展開される。

idea以外の環境でやりたいとき、別のバージョンを使いたいときなどは自分でダウンロードしよう。
quantum ESPRESSO
Wannier90

make

インストール(make)する。

cd ~/qe-6.3/
F90=gfortran MPIF90=gfortran ./configure
make pw
make pp

合計13分くらいかかるので気長に待つ。エラーが出なければ成功。

F90=ifort MPIF90=ifort ./configure
とすればifortを使えるが、一部の手順でなぜかエラーが出るので非推奨とする。

wannier90もmakeしておこう。

cd ~/qe-6.3/wannier90-2.0.1
cp ./config/make.sys.gfort ./make.sys
make

3分くらいかかるのでこれも気長に待つ。

動かしてみよう

サンプルプログラム：MoS2

動作確認。まずは擬ポテンシャルをコピーしよう。

cd ~/qe-6.3/
cp /home/share/input_data/pseudo/* ~/qe-6.3/pseudo/

サンプルデータをコピーする。赤字のところは、自分で好きなように名前を付けること。

mkdir -p ~/qe-6.3/data/samples/
cp -r /home/share/input_data/mos2-1L/ ~/qe-6.3/data/samples/mos2-1L/
cd ~/qe-6.3/data/samples/mos2-1L/pw/
./run.sh

26分くらい掛かります。
ワニエも。

cd ~/qe-6.3/data/samples/mos2-1L/wannier/
./run.sh

サンプルプログラム：graphene

動作確認。サンプルデータをコピーする。赤字のところは、自分で好きなように名前を付けること。

mkdir -p ~/qe-6.3/data/samples/
cp -r /home/share/input_data/graphene/ ~/qe-6.3/data/samples/graphene/
cd ~/qe-6.3/data/samples/graphene/pw/
./run.sh

そこそこ速いはず。
ワニエも。

cd ~/qe-6.3/data/samples/graphene/wannier/
./run.sh

決め事

コン部ルール

資産の共有のため、コン部ルールを定めておく。

・inputファイルはQEディレクトリの４階層下
例）~/qe-6.3/data/Kagome/Co3Sn2/wannier/scf.in

・pseudo potentialファイルはQEディレクトリの下のpseudo内
例）~/qe-6.3/pseudo/C-...

・物質名などはディレクトリで分け、inputファイル名はある程度統一する
例）~/qe-6.3/data/sample/graphene/pw/scf.in
　　~/qe-6.3/data/sample/mos-1L/pw/scf.in

それ以外はなるべく一般的に書くよう心がけること。

pw run

pwの実行には次のコマンドを用いる。
run.sh

../../../../bin/pw.x < scf.in > scf.out
../../../../bin/pw.x < nscf.in > nscf.out
../../../../bin/bands.x < band.in > band.out

wannier run

wannierの実行には次のコマンドを用いる。
run.sh

../../../../bin/pw.x < scf.in > scf.out
../../../../bin/pw.x < nscf.in > nscf.out
../../../../wannier90-2.0.1/wannier90.x -pp 物質名
../../../../bin/pw2wannier90.x < pw2wan.in > pw2wan.out
../../../../wannier90-2.0.1/wannier90.x 物質名