Fortran各論:LAPACK
LAPACKとは
「Liner Algebra PACKage」の略で、プロが作った線形代数のサブルーチン集(ライブラリ)。 線形代数のライブラリとしては事実上の標準。 様々なルーチンが含まれるが、「行列の固有値問題を解く(対角化)」、「線形方程式を解く(逆行列)」、 の2つの用途だけ知っておけばよいだろう。 英語的な読み方は「れいぱっく」らしいが、日本ではよく「らぱっく」と呼ばれる。
古代の遺物、先人の遺産。
このLAPACK、かなり敷居が高い。 予備知識の無い初心者であれば、3日以内に使えるようになれば上出来、と考えるべきだろう。 正しく使うためにはそれなりの理解が必要だが、日本語で書かれたわかりやすい説明がほとんど存在せず、 また中身を直接理解しようとしても素人にはほぼ解読不可能である。 また古いFORTRAN77のコードで汎用性が高くなるよう書かれているため、引数が無駄に多くて使いづらい。しかしながら、プロと呼ばれる人々が作っているため、速度と精度は折り紙付き。 また世界中の研究者が実際に使っているので、バグが残っている可能性はほぼ無いと考えて良い。 中身が見えないので最初は不安になるが、信頼性は非常に高い。
「天下り的な知識と慣れ」さえあれば、とても強力で安全な道具。
LAPACKを手に入れる
LAPACKに含まれるルーチンのソースコードはフリーで公開されている。サブルーチン間に複雑な依存関係があるため、 生のソースコードを個別に持ってきてコンパイルする、という使い方は(普通は)せず、誰かがまとめて「ライブラリ」にしたものを利用する。
サブルーチンの塊を「ライブラリ」という特殊な形式でコンパイルしたもの。
有料のFortran Compilerを購入すると、最初からライブラリとなったもの(例えば「mkl(Math Kernel Library)」)が付属する。 Macだと、最初からCommand line toolsに付属しているのでそれを使っても良い。
具体的な使い方
1.インターネットなり本なりで、「必要なルーチンの名前」を調べる。 使っている人に聞くのが一番手っ取り早い。
命名規則:必ず、頭には「単精度実数、倍精度実数、単精度複素数、倍精度複素数」を表す「S,D,C,Z」という接頭語が付く。
行列を扱うルーチンの場合、続く2文字は「一般、対称、エルミート」=「GE、SY、HE」など行列の性質を表す。
残る文字がルーチンの役割を示す。「固有値問題」=「EV (EigenValue)」
例えば「倍精度複素数型エルミート行列の固有値問題」であれば、「ZHEEV」という名前である。
2.名前が分かったら、そのルーチンの使い方、特に引数を調べる。
分かりにくい引数:
LDA:配列Aが実際に定義されているサイズ。
F77では「配列を大きめに定義し、一部だけ使う」というのが普通だったため。
f90できちんとallocateしているなら、そのまま配列のサイズ『n』だと思って良い。
WORK:内部処理に使う作業領域。入力でも出力でもない。
F77では動的にメモリを確保できなかったため。
型と配列のサイズの定義を間違えなければ、値は気にしなくて良い。
3.(中身ではなく、使い方を)十分に理解したら、自分のプログラムに組み込む。 使い方は普通の(裸の)サブルーチンと一緒。callするだけ。 外部手続き扱いのため整合性チェックは行われないので、引数の型を間違えないように。
4.コンパイル。「ライブラリのパスを切る」「ライブラリを指定する」必要がある。 環境によって違うため一概には言えない。先生か先輩に教わろう。
Macの場合、
$ ifort -framework Accelerate main.f90とすれば良い。
ワークステーション、もしくはMacでMKLを使う場合は
$ ifort main.f90 -lpthread -lm -mkl=sequentialとすれば動くかも知れない。
(*環境による。詳しくはこちらを参照。)
LAPACKによる対角化
対角化ルーチン
ZHEEV( JOBZ, UPLO, N, A, LDA, W, WORK, LWORK, RWORK, INFO )エルミート行列を対角化する。物理で使うのは、大抵これ。 使い方は下の例を参照の事。
引数1(入) CHARACTER*1 :: JOBZ
『'N'』:固有ベクトルを計算しない
『'V'』:『A』に固有ベクトルが上書きされ、返される
引数2(入) CHARACTER*1 :: UPLO
『'U'』:上三角行列を使う
『'L'』:下三角行列を使う
引数3(入) INTEGER :: N
nxn正方行列『A』のサイズ『n』
引数4(入出) COMPLEX*16 :: A(LDA,N)
対角化したい(倍精度複素数型エルミートの)行列『A』
JOBZ='V'のとき、固有ベクトル(を並べた配列)が上書きされる
JOBZ='N'であっても、元のAは返って来ないので注意!
引数5(入) INTEGER :: LDA
配列『A』の第一次元が実際に定義されているメモリ上の長さ。Fortran90ならば『N』と同じ。
引数6(出) REAL*8 :: W(N)
固有値を並べたベクトルが出てくる
引数7(作業領域) COMPLEX*16 :: WORK(LWORK)
引数8(入) INTEGER :: LWORK
内部的な作業領域のサイズ。最低でも2*N-1必要
引数9(作業領域) REAL*8 :: WORK(3*N-2)
引数10(出) INTEGER :: INFO
内部でエラーが発生した場合、『0』でない値が出てくる
固有値(と、対応する固有ベクトル)は、小さい方から順番にソートされる。
例1「倍精度複素数型エルミート行列の固有値問題」
固有値問題"***EV"系の例として、"ZHEEV"の例文。他のタイプもほぼ同様。use bacs implicit none integer :: i,j,n complex(kind=double), allocatable :: Amat(:,:), egVecs(:,:) real (kind=double), allocatable :: egVals(:) !--- LAPACK private variable --- !LAPACK用 integer :: nzWork, info complex(kind=double), allocatable :: zWork(:) real (kind=double), allocatable :: dWork(:) read *, n !--- allocation --- allocate (Amat(n,n),egVecs(n,n),egVals(n)) !-- for 'ZHEEV' -- !LAPACK用 nzWork = (64+1)*n allocate (zWork(nzWork),dWork(3*n-2)) !--- define matrix A --- {Amat(i,j)=...} ! 行列を定義 egVecs(:,:) = Amat(:,:) !--- use 'ZHEEV' --- call ZHEEV('V','U',n,egVecs,n,egVals,zWork,nzWork,dWork,info) if(info/=0) then ! エラーのシグナルが返ってきた場合 print *, "### ERROR ### process aborted " print *, " >>> ZHEEV : error code = ", info STOP !実行を中断 end if do i=1,n print *, egVals(i) end do『Amat』を定義する部分を変えれば動く。それ以外はほぼパターンだと思って良く、自分なりの工夫は無駄なのでコピー&ペーストをお勧めする。
この例では、行列『Amat』を上書きされないよう、『egVecs』にコピーしてから使っている。
『*work』の役割と値は我々の関知するところではない。が、型とサイズを間違えてはいけないので、変数の定義とallocationはしっかり写すこと。
内部でエラーが発生した場合のエラー処理も行っている(省略可)。
実行すると、
(小さい方から)i番目の固有値が『egVals(i)』に入る
(小さい方から)i番目の固有値に対応する固有ベクトルが『egVecs(:,i)』に入る
逆行列
勉強:逆行列と連立方程式
式の上ではよく出てくる逆行列だが、逆行列そのものの値が必要になる場合はそれほど多くない。例えば「y = A-1 x」(Aの逆行列とxの積、yを求める)という式は、「A y = x」という連立方程式に帰着できる。
「逆行列を計算した後、行列積を計算する」よりも「連立方程式を解く」方が、アルゴリズム上、速度・精度の面で有利になる場合が多い。
xを単位行列にすれば、yは逆行列そのものになる。
逆行列ルーチン
ZGETRF( M, N, A, LDA, IPIV, INFO )行列Aを下処理(LU分解)する
先頭の"Z"は倍精度複素数という意味なので、実数の行列を扱う場合はDGETRF。以下同様。
ZGETRS( TRANS, N, NRHS, A, LDA, IPIV, B, LDB, INFO )下処理済の行列を使い、連立方程式 A X = B を解く
ZGETRI( N, A, LDA, IPIV, WORK, LWORK, INFO )下処理済の行列の逆行列を求める
まず『ZGETRF』で行列を下処理した後、『ZGETRS』もしくは『ZGETRI』を使う。 詳しい使い方はそれぞれのルーチンを参照の事。
LAPACKは、一般に中規模計算(1000x1000〜10000x10000程度)でその真価を発揮する。
メモリを使い切るほどの規模になると、疎行列ルーチンなど他の方法を考慮に入れなければならない。
逆に100x100程度までの逆行列であれば、Gaussの掃き出し法で直接求めた方が速かったりもする。
まあ、それほど気にする必要はないが、万能・最強というわけではないことは知っておこう。
メモリを使い切るほどの規模になると、疎行列ルーチンなど他の方法を考慮に入れなければならない。
逆に100x100程度までの逆行列であれば、Gaussの掃き出し法で直接求めた方が速かったりもする。
まあ、それほど気にする必要はないが、万能・最強というわけではないことは知っておこう。
例2「倍精度複素数型行列の逆行列」
"ZGETRI"の例文。他のタイプもほぼ同様。use bacs implicit none integer :: i,j,n complex(kind=double), allocatable :: Amat(:,:), Ainv(:,:) !--- LAPACK private variable --- !-- LAPACK用 integer :: nzWork, info integer, allocatable :: iPiv(:) complex(kind=double), allocatable :: zWork(:) read *, n !--- allocation --- allocate (Amat(n,n),Ainv(n,n)) !-- for 'ZGETRF,ZGETRI' -- !-- おまじない nzWork = 64*n allocate (iPiv(n),zWork(nzWork)) !--- define matrix A --- {Amat(i,j)=...} !-- 行列を定義 Ainv(:,:) = Amat(:,:) !-- 元のAを残しておく(ZGETRFで上書きされるため) !--- use 'ZGETRF' --- call ZGETRF(n,n,Ainv,n,iPiv,info) if(info/=0) then !-- エラーのシグナルが返ってきた場合 print *, "### ERROR ### process aborted " print *, " >>> ZGETRF : error code = ", info STOP !-- 実行を中断 end if !--- use 'ZGETRI' --- call ZGETRI(n,Ainv,n,iPiv,zWork,nzWork,info) if(info/=0) then !-- エラーのシグナルが返ってきた場合 print *, "### ERROR ### process aborted " print *, " >>> ZGETRI : error code = ", info STOP !-- 実行を中断 end if Amat = matmul(Amat,Ainv) do i=1,n print '(99f4.1)', dble(Amat(i,1:n)) end do『Amat』を定義する部分を変えれば動くはず。
この例では、行列『Amat』を上書きされないよう、『Ainv』にコピーしてから使っている。最後は単位行列に戻るか確認しているだけ。
『iPiv』『nzWork』『zWork』の定義とallocationはしっかり写すこと。
エラー処理は省略しても良い。
実行すると、
Amatの逆行列が『Ainv(:,:)』に入る
便利ツール
能書き
LAPACKはとても奥が深い。 ・・・だから私は嫌いである。
より簡単にプログラミングをするためには、ツールを自前で用意しておくと便利である。以下に、私が普段使っているツールの一部を紹介する。参考にして自分で作るなり、私に教えを請うなりすると良い。
その1 固有値問題のwrapper: LAP_ev
LAPACKを直接呼ぶと、「おまじない」が多くて分かりづらい。そこで、ややこしい部分はモジュールに押し込めてブラックボックス化してしまおう。
LAP_ev.f90 (v1.8.1, 限定解除)
こういうのを「ラッパー(wrapper)」と言ったりする。使い方さえ知っていれば良く、中身を理解する必要はない。
LAPACK95という公式のラッパーもある。が、使い勝手が中途半端なので私は使っていない。
これを使うと、次のようなプログラムになる。program taikakuka use LAP_ev implicit none integer, parameter :: double=selected_real_kind(15) integer :: i,j,n,Lx real(kind=double), allocatable :: Hamiltonian(:,:),eigenStates(:,:) real(kind=double), allocatable :: eigenEnergies(:) print *, "length of system = ?" read *, Lx n = Lx !--- size of matrix allocate (Hamiltonian(n,n),eigenStates(n,n),eigenEnergies(n)) !--- define Hamiltonian in matrix form --- {Hamiltonian(i,j)=...} ! 行列を定義 !--- solve eigenvalue problem --- call LAP__ev(n,Hamiltonian,eigenEnergies,eigenStates) do i=1,n print *, eigenEnergies(i) end do print *, "probability amplitude" j = n/2 !--- j番目の波動関数の確率振幅 do i=1,n print *, i, abs(eigenStates(i,j))**2 end do end program「LAP_ev」(_は1つ)というモジュールの
「LAP__ev」(__は2つ) というサブルーチンを使って
「n」次元の「行列」の「固有値」と「固有ベクトル」を求める、
引数の数は元々10個もあったが、普通はこの4個で十分。
という簡単な構造になる。皆さんはそれ以外の部分(ハミルトニアンの定義)とかに集中すれば良い。コンパイルは次のようにする。
$ ifort -framework Accelerate LAP_ev.f90 taikakuka.f90
"-framework"のところについては、このページ上の方も読むこと。
その2 行列演算ライブラリ:matkob2
ちょっとした計算にいちいちLAPACKやBLASを呼び出して使うのは大げさである。そこで、基本的な行列演算ルーチンは手作りしてまとめておくと便利である。
matkob2.f90 (v3.2.1, 手渡し限定)
use matkob2これを使うと例えば、「行列Aと、行列Bのエルミート共役の積の逆行列をCとする」が一行で書ける。
C = matinv(matpro(A,matdag(B)))
「とりあえず動かしたい」という時に使う。大規模行列で真面目に計算するのには向かない。
スピードは、100x100程度の行列ならLAPACK/BLASと大差ない。コーディングにかかる手間と時間は比べるべくも無い。
ちょっと専門的な話:ユーザー定義関数の作業領域はスタックが利用される。MacOSXではスタックサイズ上限が小さいため、配列関数で扱えるサイズには限界がある。